פרופ' מרדכי ואטורי הוא בוגר בהצטיינות של הפקולטה לרפואה ע"ש סאקלר באוניברסיטת תל אביב, ומומחה ברפואה פנימית וקרדיולוגיה מבית החולים בילינסון.
הוא התמחה באופן ספציפי באקוקרדיוגרפיה ומחלות מסתמים, וכיום משמש כקרדיולוג בכיר ביחידת אקו לב ומרפאת המסתמים בבילינסון.
בנוסף לתפקידו הקליני, פרופ' מרדכי ואטורי הוא מרצה בכיר קליני בחוג לקרדיולוגיה בפקולטה לרפואה ע"ש סאקלר באוניברסיטת תל אביב.
בין השנים 2003-2005, השלים השתלמות ביחידת אקו לב ב-Massachusetts General Hospital בבוסטון, ארה"ב.
הוא חבר פעיל בהסתדרות הרפואית בישראל (הר"י), באיגוד הקרדיולוגי הישראלי, ובחוג הישראלי לאקוקרדיוגרפיה, מה שמעיד על מעורבותו המתמשכת בקהילה הרפואית המקצועית.